Cục Thuế vừa ban hành Công văn 2965/CT-CS ngày 12/5/2026 hướng dẫn về chính sách thuế GTGT đối với ngành công nghệ thông tin (CNTT). Dù mang vỏ bọc là một văn bản nghiệp vụ thông thường, nội dung chi tiết của công văn này lại đang "bóc trần" những lỗ hổng quản trị cốt lõi và kích hoạt rủi ro tài chính rất lớn mà phần lớn doanh nghiệp công nghệ đang bỏ qua.
Rủi ro đầu tiên chính là thói quen tự áp đặt ưu đãi của doanh nghiệp. Lâu nay, nhiều đơn vị mặc định cứ hoạt động trong lĩnh vực công nghệ, phần mềm là được hưởng đặc quyền không chịu thuế GTGT. Tuy nhiên, đối chiếu với Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, cơ quan thuế khẳng định diện miễn thuế đã bị siết rất hẹp: Chỉ sản phẩm và dịch vụ phần mềm theo đúng quy định chuyên ngành mới thuộc đối tượng không chịu thuế.
Thông điệp của ngành thuế rất rõ ràng: Nhìn thẳng vào bản chất kinh tế của giao dịch thay vì quản lý dựa trên cái tên doanh nghiệp tự đặt trên hóa đơn. Một hợp đồng mang tên "cung cấp phần mềm" nhưng bên trong bao gồm cả vận hành, cho thuê máy chủ, hỗ trợ kỹ thuật và đào tạo sẽ không còn được xem là phần mềm thuần túy, mà có nguy cơ bị áp thuế suất 10% cho toàn bộ giá trị nếu doanh nghiệp không chủ động bóc tách.
Điểm mấu chốt biến Công văn 2965/CT-CS thành mối nguy hiện hữu nằm ở việc dẫn chiếu Khoản 13 Điều 4 Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Quy định này nêu rõ: Nếu doanh nghiệp không tách riêng được phần giá trị thuộc đối tượng không chịu thuế thì toàn bộ giá trị hợp đồng sẽ phải chịu thuế GTGT 10%.
Trong thực tế, các hợp đồng giải pháp công nghệ như ERP hay chuyển đổi số thường có giá trị hàng tỷ đồng và bị gộp chung tất cả hạng mục (từ license, triển khai đến bảo trì) thành một gói doanh thu. Khi thanh tra, cơ quan thuế hoàn toàn có quyền ấn định thuế 10% trên tổng giá trị hợp đồng nếu phát hiện sự mập mờ này. Vì thuế GTGT tính trực tiếp trên doanh thu, việc bị truy thu kèm tiền phạt khai sai, tiền chậm nộp kéo dài qua nhiều năm có thể dễ dàng đánh sập dòng tiền của doanh nghiệp.
Ví dụ một hợp đồng trị giá 10 tỷ, nếu yếu tố phần mềm chiếm 6 tỷ đồng, còn lại 4 tỷ đồng là các hạng mục khác, thì số tiền thuế GTGT phải chịu là 400 triệu đồng. Tuy nhiên nếu doanh nghiệp không chủ động bóc tách, thì cơ quan thuế có quyền ấn định mức thuế 1 tỷ đồng (10% của 10 tỷ đồng) - cùng với tiền phạt. Đó là rủi ro rất lớn với mỗi doanh nghiệp công nghệ.
Công văn cũng hướng dẫn người nộp thuế liên hệ với Bộ Khoa học và Công nghệ khi có vướng mắc. Động thái này cho thấy ngành thuế đang dịch chuyển trách nhiệm định danh công nghệ sang cơ quan chuyên môn. Doanh nghiệp không thể dùng lý lẽ cảm tính để giải trình, mà mọi phán quyết sẽ dựa vào việc sản phẩm có nằm trong danh mục của Luật Công nghiệp công nghệ số 2025 và Nghị định 353/2025/NĐ-CP hay không. Nếu hồ sơ kỹ thuật thiếu chặt chẽ, doanh nghiệp chắc chắn thất thế.
Thực tế này buộc vai trò của kế toán CNTT phải thay đổi toàn diện. Kế toán không thể thụ động ở cuối quy trình chỉ để xuất hóa đơn. Để bảo vệ doanh nghiệp, kế toán phải am hiểu sản phẩm, phối hợp với bộ phận kỹ thuật để bóc tách rõ ràng từng hạng mục chịu thuế và không chịu thuế ngay từ khi đặt bút ký hợp đồng.
Công văn 2965/CT-CS là lời cảnh báo đắt giá: Thứ khiến doanh nghiệp công nghệ lao đao vì truy thu thuế không phải là thuật toán lạc hậu, mà là sự ngây thơ trong quản trị pháp lý và thuế.